因为合伙企业所具备的“权”“财”分离的属性，在企业的股权层面，起着重要的作用，我们看几乎所有大型企业的股东都有合伙企业的存在，或是员工持股平台，或是资方。但在因为法规的不完善，合伙企业的税务处理上都有太多的争议，因此今天我们就几个实操层面确实争议较大的方面，根据正式的法律法规进行论证，希望能给企业及企业服务从业者们在经营中一些参考建议，但各地税务机关对于部分政策解读存在差异，实际操作中最终以主管税务局内部执行口为准。有实操经验的小伙伴也欢迎在评论区发表自己当地的处理方案。

争议点一：合伙企业自然人股东缴纳个税的依据是合伙人性质还是收入性质？

说法1：合伙企业要区分合伙人属性纳税，有限合伙人是投资行为，因此按照20%缴纳股息红利，普通合伙人是经营行为，因此按照5-35%缴纳个税。

依据1：上海市政府2008年出台《上海市股权投资企业工商登记等事项的通知》上海市政府2011年修订了上述通知，删除了以上有关征税的详细规定，没有再对GP和LP征税作区分。

依据2：深圳市2010年出台《关于促进股权投资基金业发展的若干规定》约定了特殊的基金股权情况下， 对GP和LP纳税分别按经营、股息所得缴纳。

说法2：合伙企业不根据合伙人属性纳税，全体合伙人按收入类型纳税，投资收益20%，经营收益5-35%

依据1：《国务院关于个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知》(国发〔2000〕16号)明确：自2000年1月1日起，对合伙企业停止征收企业所得税，其投资者的生产经营所得，比照个体工商户的生产、经营所得征收个人所得税。具体税收政策的征收办法由国家财税主管部门另行制定。

依据2：《财政部、国家税务总局关于印发<关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定>的通知》(财税〔2000〕91号)明确了合伙企业征收个人所得税相关规定，按照《个人所得税法》的规定，“利息、股息、红利所得”适用20%的个人所得税率。

依据3：国家税务总局关于《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》执行口径的通知（国税函[2001]84号）       以合伙企业名义对外投资分回利息或者股息、红利的，应按《通知》所附法规的第五条规定确定各个投资者的利息、股息、红利所得，分别按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。

最终的结论：国家文件中未明确区分LP与GP的纳税区别，实操层面全国大多数地方是投资收益按照20%，经营收益按照5%-35%。但符合地方政府的基金股权备案条件的除外。

争议点二：合伙企业转让股权取得的收益该按什么交税？

 说法1：按照入5-35%缴纳个税

依据1：《国务院关于个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知》(国发〔2000〕16号)明确：自2000年1月1日起，对合伙企业停止征收企业所得税，其投资者的生产经营所得，比照个体工商户的生产、经营所得征收个人所得税。具体税收政策的征收办法由国家财税主管部门另行制定。

依据2：《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税〔2000〕91号；2014年国家税务总局发布《个体工商户个人所得税计税办法》（国家税务总局令第35号）

“个体工商户从事生产经营以及与生产经营有关的活动（以下简称生产经营）取得的货币形式和非货币形式的各项收入，为收入总额。包括：销售货物收入、提供劳务收入、转让财产收入、利息收入、租金收入、接受捐赠收入、其他收入。

说法2：按20%缴纳个税

依据1：《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》（国家税务总局公告2014年第67号） “个人转让股权，以股权转让收入检减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按“财产转让所得”缴纳个人所得税。”

依据2：《个人所得税法》第三条“财产转让所得，适用比例税率，税率为百分之二十。” 

依据3：依据《民法总则》和《民法通则》，将个体工商户归类为自然人。有限合伙企业的股权转让属于财产转让所得，但不应并入合伙企业生产经营所得收入，应单独适用“个人所得税法-财产转让所得”20%税率计算缴纳个人所得税。

最终的结论：国家文件对于个税缴纳方式部分文件内容虽然看起来冲突，但实质上是区分了个人和企业的财产转让行为，如转让行为的直接收益人为合伙企业，合伙企业获得财产转让收益，自然人合伙人按照5-35%缴纳经营所得税个税。如转让行为的直接收益人为自然人，自然人股东按照20%缴纳个税。

注：部分地方政策-对基金备案的合伙企业在取得基金股权转让收入时给与了优惠政策。

合伙制股权基金中个人合伙人取得的收益，按照“利息、股息、红利所得”或者“财产转让所得”税目征收个人所得税，税率为20%

青岛高新区《促进股权投资基金发展暂行办法》---全部股东按照20%缴纳个税。

宁波金融办 [ 2008］9号关于印发《 鼓励股权投资企业发展的若干意见》的通知---GP35%，LP20%

深圳《关于促进股权投资基金发展的若干规定》---GP35%，LP20%

争议点三：合伙企业取得A有限公司分红后，再分配给其B有限公司股东，B需要缴纳企业所得税吗？

 说法1：需要缴纳企业所得税

依据1：《中华人民共和国企业所得税法实施条例》（中华人民共和国国务院令第512号）第一条 在中华人民共和国境内，企业和其他取得收入的组织(以下统称企业)为企业所得税的纳税人，依照本法的规定缴纳企业所得税。个人独资企业、合伙企业不适用本法。

第八十三条规定：企业所得税法第二十六条第（二）项所称符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，是指居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益。

依据2：按照《财政部、国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税〔2008〕159 号）中规定，合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。

说法2：不需要缴纳企业所得税

依据：国税函【2001】84 号文第 2 条“个人独资企业和合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。

因此认为符合企业所得税法上的免税投资收益的条件，属于已缴纳企业所得税的税后收益，该收益可按照合伙协议约定直接分配给法人合伙人从而做了扩大解释或变通处理。

结论：国家文件上来看有限公司从合伙企业获得的分红不免企业所得税，但是从账务处理的角度上看，A有限公司的这笔分红收入不作为合伙企业收入，直接分配给B，此笔收入已经完税不再重复纳税，实操层面大多数B公司不再缴纳企业所得税，但是也存在一定税务风险。

最后补充一个没有争议，但是很多老会计都不知道或者觉得和正常理念相违背的知识点：合伙企业的自然人合伙人在合伙企业担任职务所领取的工资，需归属于经营所得。

依据：《财政部国家税务总局关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税【200】91号）的规定，投资者从个人独资企业取得的经营所得按照“个体工商户生产、经营所得缴纳个人所得税，从本投资企业领取的工资收入不缴纳“工资、薪金所得”个人所得税。